Ülkenin politik iklimindeki değişim rüzgârlarının kilise camiasını da etki altına almasıyla okula ilk kez Donald Miller adlı siyah bir öğrenci kabul edilmiştir. Geleceğe umutla bakan genç ve masum rahibe James, Peder Flynn ile ilgili bir şüphesini Rahibe Aloysius ile paylaşarak Peder Flynn’ın Donald’a karşı aşırı bir yakınlık gösterdiğini anlatır. Bu iddia ve suçlama üzerine harekete geçen Rahibe Aloysius, gerçeği ortaya çıkartmak ve Peder Flynn’ı okuldan attırmak için büyük bir mücadele başlatır. Rahibe Aloysius artık Peder Flynn’a karşı müthiş bir irade savaşına kilitlenmiştir. Bu mücadelenin hem kilise hem de okul üzerinde yıkıcı sonuçlar getirmesi tehlikesi vardır.